对普通人而言，只知道穿山甲鳞片是一味传统中药，但却很少有人了解在传统中药典籍记载中，它被多次注明其鳞甲有毒，且在不少经典中医药著作中，其均被归为“下品药”，“属不常用之药”。
唐代甄权所著的《药性论》中，对穿山甲作为中药的性味描述为：“咸，凉”，“有大毒”。此后，成书于明嘉靖三十一年至万历六年（1522-1578）年的《本草纲目》中，对穿山甲则记载有：气味咸，微寒，有毒。更往后一点，明天启二年（1622年）的《雷公炮制药性解》一书中，也再次对穿山甲明确记载有：性微寒有毒，不载经络。主五邪惊悸，妇人鬼魅悲伤，山岚障疟等。也就是说，穿山甲鳞甲有毒，在古代中医典藉中早有记载。
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其实，穿山甲不仅鳞甲有毒，其肉也是有毒的，并非不少人以为的“大补”。在宋代医史著作《医说》（张杲著）中记载：肉，［气味］，甘、涩、温。有毒。明代大医学家李时珍后来在对此条目作注时，详细解释为：鲮鲤肉最动风。风疾人才食数脔，其疾一发，四肢顿废。时珍窃谓此物性窜而行血，风人多血虚故也。然其气味俱恶，亦不中用。
此外，往前追溯至更早的我国魏晋时期，名医陶弘景在前人基础上，写就《名医别录》一书，将民间口耳相传的数百味中药整理分类，分为上品、中品及下品三卷，其中，如天门冬、麦门冬、龙眼、丹砂、云母、菖蒲等为上品药，而穿山甲与水蛭、蜘蛛、萤火、巴豆、葵松、牡丹、羊蹄、虎掌等归为下品药，穿山甲鳞片在下品药一卷，属第210位药。也有中医学者表示，我国现存最早的药学著作、成书于东汉之前的《神农本草经》中，也早已将穿山甲归为了下品药。
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“类似穿山甲药性的记载还有很多，如《日华子本草》、《药性解》、《得配本草》等，都认为其“有毒”、为下品药，（是）非常用药，非必用药”，相关中医学者称，之所以将穿山甲归为下品药，是指其在中药的使用方面，穿山甲甲片属历代医家所谨慎使用的药，多仅在对特殊对症的病人时才使用，这一点在《本草纲目》中亦有出处，如在《本草纲目》中称：穿山甲，古方鲜用。
“穿山甲甲片的成分或药用功效，跟人的手指甲作用相当，人们不必过于迷信其功效”，过去人们对穿山甲的药性看得过于神秘了，且其能对症疗治的病症并不多，仅限于通经消散、除风痹强直等少数症候。“以前穿山甲作为中药非常便宜，现在10克药即需要200-300元，太贵，很多医生都已经都不用这个药了，而是用海藻、牡砺等在临床上替代它”。